رکورد قبلیرکورد بعدی

" ارزيابي مدل انتخاب ژنومي در پيشبيني ارزش اصلاحي ژنومي صفات كمي و كيفيت نانوائي گندم نان "


نوع مدرک : پایان نامه فارسی
زبان مدرک : فارسی
شماره رکورد : 18873585
شماره مدرک : ۸۰-۵۹۲۱
سرشناسه : آرميون‏ ، ، محمد‏
عنوان : ارزيابي مدل انتخاب ژنومي در پيشبيني ارزش اصلاحي ژنومي صفات كمي و كيفيت نانوائي گندم نان [پایان نامه]
دانشگاه/دانشکده : : دانشگاه تهران. پرديس كشاورزي و منابع طبيعي دانشكده علوم و مهندسي كشاورزي
سال تحصیل : ۱۳۹۸
مقطع تحصیلی : دکترای تخصصی
رشته تحصیلی : اصلاح نباتات گرايش ژنتيک بيومتري
صفحه شمار : ۱۹۷ص
چکيده : جهت برآورد ارزشهاي اصلاحي ژنومي افراد در يک جمعيت پيشرفته اصلاحي گندم نان، آزمايشي در قالب طرح آلفا لاتيس در سهتكرار با 05 لاين و ارقام شاهد در ايستگاه تحقيقاتي چرداول مركز تحقيقات و آموزش كشاورزي و منابع طبيعي استان ايلام به مدتدو سال اجرا شد. تجزيه واريانس براي صفات كمي و كيفي به صورت ساده و مركب انجام و عامل سال و لاين به جزء بر تعداد دانهسال بر تعداد روز تا سنبلهدهي، تعداد روز تا رسيدگي، ميزان پروتئين، × در سنبله، عملكرد و تعداد دانه در سنبلچه و اثر متقابل لاينعدد فالينگ، عدد زلني و اندازه حجم رسوب SDS 10 (، عدد زلني / معنيدار شدند. مقدار درصد وراثتپذيري عمومي عدد فالينگ ) 3955 (، تعداد / 58 (، عملكرد ) 80 / 59 (، وزن سنبله ) 80 / 05 (، تعداد سنبلچه در سنبله ) 0 / 09 (، تعداد دانه در سنبله ) 59 / 05/33 (، ارتفاع ) 59 (،)99/ 91 (، وزن هزار دانه ) 93 / 93 (، تعداد دانه در هر سنبلچه ) 69 / سنبله در متر مربع ) 59 SDS 96/13 (، تعداد روز تا سنبلهدهي (80 ( درصد بود. با توجه به نتايج همبستگي، صفات تعداد دانه در سنبله، تعداد / 95 ( و تعداد روز تا رسيدگي ) 98 / 95/55 (، پروتئين ) 55 (دانه در سنبلچه، وزن دانه در سنبله و وزن هزار دانه به عنوان چهار شاخص اصلي در انتخاب لاينهاي با عملكرد بالا و كيفيتمناسب نانوائي در برنامههاي بهنژادي تحت شرايط آبياري نرمال معرفي شدند. لاينها و ارقام زراعي بر حسب قرابت و فاصله ژنتيكي63 و 96 بيشترين عملكرد و بهترين كيفيت را داشت. همچنين به ،81 ، در گروههاي مختلفي قرار گرفته و زير گروه لاينهاي 5منظور کشف، تعیین، ژنوتیپسنجی نشانگرهای SNP ، گروهبندی و محاسبه ارزشهای اصلاحی با روش ddRAD-Seq وبا استفاده از پلاتفرم Illumina ® 500 TMNextSeq انجام شد. متوسط نمره كيفيت فرد براي تمام افراد برابر 95 و از مجموع811.188.159 خوانش توالي قرائت شده، 805.851.911 خوانش صحيح و به طور متوسط به ازاي هر لاين 6.651.515 خوانشتوليد شد. بالاترين نرخ همرديفي مربوط به ژنوم B و كمترين آن مربوط به ژنوم D بود. تعداد كل SNP هاي صحيح فراخوني شدهبراي 05 درصد داده گمشده برابر با 9.956 عدد، كه تعداد 8966 بر ژنوم B 8609 ژنوم ، A و 191 روي ژنوم D و بيشترين SNP برروي كروموزوم دوم و سوم از ژنوم B و كمترين آن روي كروموزوم چهارم از ژنوم D شناسائي شد. بيشترين چگالي نشانگري رويكروموزومهاي دوم و پنجم ژنوم B و كمترين روي كروموزوم چهارم از ژنوم D و بين چگالي نشانگري و اندازه كروموزوم در سهژنوم رابطه خطي بسيار معنيدار مشاهده شد. بهترين مدلهاي آماري برآورد ارزش اصلاحي ژنومي در متوسط دو سال عملكرد، وزنهزار دانه، وزن سنبله، تعداد سنبلچه در سنبله، تعداد بذر در سنبله، تعداد سنبله در متر مربع، تعداد روز تا سنبلهدهي، تعداد روز تارسيدگي، ارتفاع، پروتئين، عدد فالينگ و عدد زلني به ترتيب Bayes RR ، EN ، Bayes RR ، RF ، LASSO ، BayesA ، Bayes RR ، BayesA ، BayesB ، Bayes LASSO ، Bayes RR و EN بود و براي تعداد بذر در سنبلچه و اندازه حجم رسوب SDSهيچگونه مدلي برازش نشد. بين ميزان وراثتپذيري صفت و صحت پيشبيني رابطه مستقيم معكوس مشاهده و مقدار درصد صحتپيشبيني به مقدار وراثتپذيري عملكرد، وزن هزار دانه، وزن سنبله، تعداد بذر در هر سنبلچه، تعداد سنبلچه در هر سنبله، تعداد بذردر سنبله، تعداد سنبله در متر مربع، تعداد روز تا سنبلهدهي، تعداد روز تا رسيدگي، ارتفاع، پروتئين، عدد فالينگ، عدد زلني و اندازهحجم رسوب SDS 55 و صفر بود. يافتهها نشان دادند كه ،95 ،11 ،99 ،891 ،55 ،86 ،95 ، 51 ، صفر، 65 ،91 ، به ترتيب برابر با 95در برنامههاي بهنژادي براي صفات تعداد روز تا رسيدگي، پروتئين و عملكرد ميتوان گزينش را بر اساس مدل انتخاب ژنومي انجامو اجراي صحيح آن در صفات مختلف علاوه بر صفت و روش آماري، بايستي به سهم هر يک از اجزاي واريانس از جمله ژنوتيپ،محيط و اثر متقابل در مقدار تنوع كل توجه كرد. مقدار پاسخ به گزينش در راهبرد انتخاب ژنومي، فنوتيپ و فنوتيپ و ژنومي به1 و 1 درصد نسبت به ميانگين جامعه و انتخاب فنوتيپي ، 5 تن در هكتار كه معادل با افزايش 5 / 5 و 818 /899 ،5/ ترتيب برابر با 531و ژنومي بالاترين افزايش نشان داده و مقدار پاسخ به انتخاب آن نسبت به انتخاب فنوتيپي بيش از 88 درصد بود.
: determine the estimated genomic breeding values of the bread wheat advanced breeding population, an experiment was conducted in alpha lattice design in three replications with 50 lines and cultivars at Chardavol Research Station of Ilam Agricultural Research and Education and Natural Resources Center for two years. Analysis of variance simple and combined for bread wheat quantitative and bread-making qualitative traits was performed. Except for grain per spike, yield and grain per spikelet traits the remaining results were significant. Genotype × year interaction on DHE, DMA, protein content, FN., ZN. and SDS were also significant. The broad heritability percentage of FN, ZN, Height, grain per spike, spikelet per spike, spike weight, yield, spike per square meter, grain per spike, TKW, SDS, DHE, protein and DMA 85.96, 54.99, 53.43, 50.06, 43.5, 41.15, 40.15, 39.03, 38.26, 36.69, 32.89, 30.04, 30.04 and 15.31 was respectively. According to the correlation results, grain per spike, grain per spikelet, spike weight and TKW as four main indices in selection of high yielding lines and appropriate baking quality in breeding programs for normal irrigation were introduced. Lines and cultivars were classified into different groups in terms of kinship and genetic distance and subgroup of lines 4, 17, 29 and 32 had the highest yield and the best quality. In order to detect, determine, genotyping SNP markers, classify and calculate breeding values, ddRAD-Seq method and NextSeq TM 500 Illumina ® platform were used. The mean Phred quality score for all individuals was 30 and out of 178811846 sequencing reads, 150108678 correct reads and an average of 2207480 reads per line was produced. The highest alignment rate was for genome B and the lowest genome D. The total number of correct SNPs recalled for 50% of the missing data were 3342, of which 1322, 1253 and 767were on the B, A and D genomes respectively. The highest SNPs on the 2B and 3B and the lowest on 4D chromosomes were identified. The highest marker density was found on the 2B and 4B and the lowest on 4D chromosomes, and also a highly significant regression relationship was found between marker density and chromosome size in the three genomes. The best statistical methods to estimate genomic breeding value in average two-year yield, TKW, spike weight, spikelet per spike, grains per spike, spike per square meter, DHE, DMA, height, protein, FN and ZN were Bayes RR, EN, Bayes RR, RF, Lasso, BayesA, Bayes RR, BayesA, BayesB, Bayes Lasso, Bayes RR and EN, respectively and no model fitted for grain per spiklet and SDS. There was a direct inverse relationship between trait heritability and prediction accuracy and the ratio of prediction accuracy to heritability for yield, TKW, spike weight, grain per spikelet, spikelet per spike, grain in spike, spike per square meter, DHE, DMA, height, protein, FN, ZN and SDS were 60, 38, 48, 0, 24, 30, 12, 40, 138, 36, 78, 34, 44 and zero respectively. The results showed that in breeding programs can be used genomic selection for improving DMA, protein and yield traits and in order to implementing genomic selection in different traits in addition to trait and statistical method should pay attention to contribute each one of the components of variance including genotype, environment and interaction that accounted for the amount of total variation. The amount of response to selection in genomic, phenotypic and integrated phenotypic and genomic selection strategies were 0.098, 0.163 and 0.181 t / ha, respectively, which is equivalent to an increase of 4, 7 and 8% in relation to the mean population respectively. The integrated phenotypic and genomics selection showed the highest response to selection in relation to phenotypic selection that was more than 11 percent. Significant distribution of SNP markers on genomes A, B and C were 63, 42 and 26, respectively. Loci identified on the chromosomes in this study and similar to those in other investigations for yield; 1D, 1B, 3B, 5A, 7A and 7D, TKW; 2B, 3B, 4A, 5A, 5B, 7B and 7D , grain per spikelet; 2A and 6A, grain per spike; 2A, 5B and 6A, spike per square meter; 6D, DMA; 2D, 2A,
توصیفگر : گندم نان
: ژنوتيپسنجي به روش ddRAD-Seq
: ارزش اصلاحي ژنومي
شناسه افزوده : بی همتا‏ ، محمدرضا‏
شناسه افزوده : ‏دانشگاه تهران. پرديس كشاورزي و منابع طبيعي دانشكده علوم و مهندسي كشاورزي
عنوان ديگر : Evaluation of Genomic Selection Model in Predicting Genomic Estimated Breeding Values of Quantitative traits and bread-making qualities in bread wheat (Triticum aestivum L.)
آدرس ثابت

پیشنهاد خرید
پیوستها
عنوان :
نام فایل :
نوع عام محتوا :
نوع ماده :
فرمت :
سایز :
عرض :
طول :
نظرسنجی