|
" ارزیابی ژنتیکی ماهی قزلآالي رنگین كمان ) mykiss Onchorhynchus )جهت تولید ماهیان عاري از بیماري هاي خاص (SPF( "
| شماره شناسایی
|
:
|
18868157
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۰۰۸۲
|
| نام عام مواد
|
:
|
[گزارش علمی- فنی]
|
| شناسه افزوده
|
:
|
پورکاظمی، محمد
|
|
|
:
|
نظری، سجاد
|
|
|
:
|
نجارلشگری، سلطنت
|
|
|
:
|
برادران نویری، شهروز
|
| عنوان اصلي
|
:
|
ارزیابی ژنتیکی ماهی قزلآالي رنگین كمان ) mykiss Onchorhynchus )جهت تولید ماهیان عاري از بیماري هاي خاص (SPF(
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
:Genetic Assessment of Rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) for production of Specific Pathogen Free (SPF) Fish.
|
| صفحه شمار
|
:
|
۶۷ ص.:مصور، عکس(رنگی)، جدول، نمودار
|
| وضعیت انتشار
|
:
|
تهران: موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور ، ۱۳۹۸
|
| فروست
|
:
|
شماره ثبت ۶۰۰۸۲ مورخ ۱۴۰۰/۰۵/۲۳۶۰۰۸۲
|
|
|
:
|
شماره طرح
|
|
|
:
|
شماره نامه: ۱۴۰۰/۲۱۹۶/۲۴۷/۱ مورخ ۱۴۰۰/۰۵/۰۹
|
| شماره ثبت
|
:
|
۴۴۸۰
|
| خلاصه یا چکیده
|
:
|
در این طرح ابتدا هفت گروه از ماهیان قزل آالی رنگین کمان مراکز منتخب مورد تایید سازمان دامپزشکی کشور و سازمان شیالت ایران در استان های مازندران، آذربایجان غربی و کهگیلویه و بویر احمد به سالن پیش قرنطینه در مرکز تحقیقات ماهیان سردآبی کشور منتقل شدند. سپس پس از بیهوشی ماهیان، داده های صفات کمی از قبیل طول کل، طول استاندارد و وزن ثبت شده و همزمان از بافت باله دمی مولدین نمونه برداری صورت پذیرفت. نمونه های بافت ماهیان جهت استخراج DNA در الکل 96 درصد نگهداری و به منظور آزمایشات مولکولی به آزمایشگاه ژنتیک منتقل شدند. به منظور بررسی ژنتیکی گله قزلآالی رنگینکمان پرورشی، سه روش نشانگرهای ریزماهواره، چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و توالی یابی نسل جدید )NGS)مورد استفاده قرار گرفت. بیشترین مقدار آلل واقعی )71/10 )و هتروزایگوسیتی مشاهده شده )11/0±49/0 )در ماهیان پرورش یافته در مزرعه فخاری و کمترین مقدار آلل واقعی )01/0±29/5 )و هتروزایگوسیتی مشاهده شده )08/0±34/0 )در ماهیان پرورش یافته در مزرعه معروفی مشاهده شد. نتایج آنالیز ژنوم قزلآالی رنگین-کمان از گله های مختلف در مزارع پرورشی، تعداد نوکلئوتید و توالی های متعددی را نشان داد. به طوریکه تعداد باز های خام در نمونه های مختلف مزارع از 685093249 باز در مزرعه ملکی تبار تا 349468725 باز در مزرعه فخاری متغیر بود. همچنین تعداد بازها پس از ویرایش از 08 +E 24/3 در مزرعه یاسوج تا 08 +E85/6 در مزرعه ملکی تبار متغیر بود. میزان توالی هایی با طول 50 جفت باز 74556191 عدد و توالی هایی با طول 90 جفت باز حدود 214983 عدد بدست آمد. از شمار کل چندشکلی های تک نوکلئوتیدی 45/56 ،28/27 و 74/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. یافته های این طرح بیان میکند که احتماال اختالط باالی جمعیتها با یکدیگر و عواملی همچون بهگزینی و سیاست های جاری در هر مزرعه منجر به از دست رفتن تنوع و تمایز بین جمعیتها شده است. نتایج این مطالعه میتواند در راستای مدیریت ذخایر پرورشی و برنامههای اصالحنژادی این گونهی مهم تجاری در ایران مورد استفاده قرار گیرد. همچنین یافته های این تحقیق از طریق شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم گله های قزلآالی رنگین-کمان پرورشی به عنوان یک پانل نشانگر با تراکم باال، می تواند نقش موثری برای شناسایی ذخایر و بهبود ژنتیکی و گنجاندن آنها در اهداف اصالح نژادی ایفاء نماید. کلمات کلیدی: انتخاب ژنومی ، قزلآالی رنگینکمان، توالی یابی نسل جدید (NGS ،(صفات کمی
|
|
|
:
|
In this investigation, seven groups of Rainbow trout from selected fish farms which were approved by Iranian Vetnary Organization and Iranian Fisheries Org. from different provinces of Mazandaran, West Azarbaijan, and Kohkolye & Boyerahmad transferred to pre-guarantee saloon at the Cold water Fish Research Center in Tonkabon. Following fish Anastasia, the quantitative trait such as total length, standard length, and weight were recorded, at the same time the caudal fin tissue were collected and preserved in 96% alcohol for DNA extraction, then transferred to Molecular genetic lab.In order to determine the genetic variation of collected samples, 3 different methods of Microsatellite, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and Next Generation Sequencing(NGS) were used. Maximum real allele (10.71) and heterozygosity (0.49±0.11) were observed in Fakhari fish farm. The lowest real allele (5.29±0.01) and heterozygosity (0.34±0.08) was detected in Maroufi fish farm. Based on the results of genome sequencing of Rainbow trout, the number of nucleotide and allele at different stocks of examined fish farms were varied, so that, the number of nucleotide and allele was varied from 685093249 in Malakitobar farm to 349468725 in Fakhari farm. Although the number of nucleotide after edition were varied from 3.24 E+08 in Yasouj farm to 6085E+08bin Malekitabar farm, the 50-base length sequencewas 74556191 and 90 base segment was approximately 214983.Based on counting of single nucleotide polymorphism (SNP) 56.45, 27.28 and 0.74 percent were in between gene region, Introns and Exons respectively.In Conclusion, finding of the present investigation indicate that, probable high populations mixed as well as selection occurred with existing management policy of each farm lead to losses of genetic variation between populations. The results of the present study may be used for national breeding program of highly commercial species of Rainbow trout, It worth to mention that the findings of the present studies with identical Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in Rainbow trout genome may be used as high density marker for identification of genetic resources and genetic improvement for the objective of breeding program.Keywords: Genome sequencing, Rainbow trout, Next Generation Sequencing, Quantitative trait
|
| |